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立法院三讀通過立法院職權行使法修正案，包括藐視國會罪、國會聽證與調查權等規定。由於民進黨立院黨團主張修法過程未經過逐條討論，修法結果也有違憲疑慮，公民團體也發起抗爭，要求行政院提出覆議和民進黨團聲請釋憲；外界關注行政部門與綠營後續如何因應。目前行政部門依法可使用的救濟手段包括覆議、釋憲，以及仍有不同解讀的「不公布施行」；而公民團體則可以發動全國性公投反制。
針對如何因應藍白版本的國會職權修正案，行政院表示會依照憲法程序妥適因應。根據依照憲法增修條文第3條第2項第2款的規定，行政院對於立法院決議之法律案、預算案、條約案，如認為有窒礙難行時，得經總統之核可，於該決議案送達行政院10日內，移請立法院覆議。立法院對於行政院移請覆議案，應於送達15日內作成決議。覆議時，如經全體立法委員二分之一以上決議維持原案，行政院院長應即接受該決議。
自2000年第一次政黨輪替以來，在前總統陳水扁、馬英九、蔡英文三人執政期間，歷經15位行政院長，行政院對立法院三讀通過的法案，共提出過6次覆議；其中3次覆議成功、3次被否決。
民進黨立院黨團總召柯建銘曾表示，若藍白版本三讀，一定會提出釋憲。憲法訴訟法第49條規定，立法委員現有總額四分之一以上，就其行使職權，認法律位階法規範牴觸憲法者，得聲請憲法法庭為宣告違憲之判決。
另外，憲法訴訟法第65條規定，國家最高機關，因行使職權，與其他國家最高機關發生憲法上權限之爭議，經爭議之機關協商未果者，得聲請憲法法庭為機關爭議之判決。因此，行政院如對國會職權法案有疑慮，依法也可聲請釋憲。
此外，近來關於總統可「不公布施行」三讀後的法案也引發討論。中央法規標準法第4條規定，法律應經立法院通過，總統公布。憲法第72條規定，立法院法律案通過後，移送總統及行政院，總統應於收到後10日內公布之，但總統得依照本憲法第57條覆議相關規定辦理。近來法界討論，若國會職權法案有牴觸憲法疑慮，總統是否可以「不公布」；不過，相關情況沒有前例，各界也有不同看法。
