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國安特勤人員利用總統出訪專機，違法大量購買免稅菸品，引發軒然大波，也讓外界開始關注這些平時層層包圍在總統周圍，維護元首安全的特勤人員。
Who's the boss？
目前負責元首維安的體系相當複雜，在執行元首維安時，分為內衛、中衛、外衛區，由內而外依序是侍衛室，特勤中心及憲警人員，侍衛室及特勤中心可說是兩大核心。
所謂特勤中心就是特種勤務指揮中心，設於國安局之下，掌管正副元首、卸任正副元首及其家屬、以及總統核定人員的安全維護。特種勤務任務編組由國安局局長任指揮官，除另有一名專任副指揮官協助特勤工作之執行外，總統府侍衛長也兼任副指揮官。
國安局藉由招考，或是從警隊或軍隊中挑選適合的人選進入特勤中心，再從特勤中心挑選訓練合格的優秀人員進入總統府侍衛室。特勤中心人員在行政管理上聽從國安局長，但進入侍衛室後，主要聽從總統府侍衛長及官邸警衛室主任，長期便形成特勤中心與侍衛室「事權不統一」的現象，一旦出事，也常出現互踢皮球的情況。
組織整合等一等
在這次違法大量購買免稅菸的案件中，蔡英文總統在第一時間撤換國安局長及侍衛長，便是認為他們兩人均須負起督導不週的責任。
對於特勤體系的組織問題，府方人士表示，在工作協調方面，長期以來確實有些問題，但這是另一件事，且目前由國安局長任指揮官、侍衛長任副指揮官的概念已一定程度在處理整合的問題。對於免稅菸品案，第一階段要做的，是要釐清事實跟責任、嚴整紀律及改善系統。
調查究責、補漏洞先行
府方人士指出，在此案爆發後，總統府在第一時間就進行廣泛了解，知道這是很久以前就出現的情況，甚至幾乎成為慣例，但蔡總統認為不能以行之有年作為藉口，惡習不能當慣習，既然現在被發現，就要有人負起政治責任，因此決定撤換國安局長及侍衛長，並立即宣布由治軍嚴謹、鐵面無私聞名的退輔會主委邱國正接任，除了要整頓紀律、加強管理，也讓惶惶不安的國安局穩定軍心；同時，總統也要求邱國正在1週內提出調查報告，希望儘速釐清事實與責任歸屬。
在改善系統方面，府方人士指出，此事暴露出兩大制度上的漏洞急需補上，首先是華航對於專機上的免稅品購買數量沒有上限，這部分已交由權責機關交通部進行檢討；另一個則是禮遇通關讓這些免稅菸品趁機入境，因此，總統已要求未來除了涉及機敏部分，其他人員一律正常通關、接受查驗；同時也要求國安局及特勤中心加強法治教育，亡羊補牢，避免未來再度發生類似的事件。
