行政院長林全關切尼莎颱風動態，他今天(27日)特別指示政務委員吳宏謀，邀集內政部、經濟部、國防部、交通部、農委會、交通部中央氣象局及國家災害防救科技中心等，於中央氣象局召開情資研判會議，除聽取氣象分析報告外，並要求各部會督促所屬及地方政府各級防救災人員，提前做好整備工作。
吳宏謀表示，尼莎颱風影響台灣時適逢週休假日，各級政府應提升警戒及防災應變運作機制，加強宣導民眾做好防颱準備，並督促所屬防災應變人員預劃假日留守人力，即時做好應變處置工作，他同時請中央氣象局持續監控颱風動態，與各防災單位保持密切聯繫。
針對今年6月豪雨災害尚未完成復建的公共工程設施及場所，行政院請相關單位強化防護整備措施，並督促地方政府掌握都市下水道清疏、水利設施整備、河川疏浚、土石流治理工程及施工中各項工程防災措施
對於災情訊息發布的災害情報網站，吳宏謀請內政部與國家災害防救科技中心確實掌握運作情形，於災害期間提供民眾查詢並宣導民眾多加運用。
行政院也請農委會水保局針對高災害潛勢區，如高雄市桃源區勤和部落等地區，加強預防性疏散撤離，落實離災及避災；交通部針對空運、陸運、海運及鐵路運輸部分，預做規劃及配套措施，尤對於東部地區易致災公路段，也應預先做好其他備援疏運方案，以減少因災害造成的交通衝擊。
行政院也提醒，民眾週休假日進行各項戶外活動時應隨時注意天氣預報，配合做好各項防災準備，以確保生命財產安全。