賴清德將接任行政院長，對於行政院目前推動的各項政務，是否會「林規賴隨」，還是會出現微調？賴清德之前曾對多項政策表示看法，從他的態度可看出，「一例一休」修法很可能是他上任後的重要工作；另外，剛展開的稅改、尚未解決的同婚議題、能源問題，都將是賴清德要面對的挑戰。
蔡英文總統上任以來，行政院推行多項重要政策及改革，在賴清德接任閣揆後，是否仍將照既定方向及節奏前進，受到關注。
其中，對於造成極大爭議的「一例一休」，賴清德之前受訪時，就不只一次表示應該保留修法的彈性。他在7月初接受電台專訪時便指出，雖然民進黨提出的「一例一休」比國民黨及時代力量提出的「兩例」衝擊較小，但執行後還是有許多不同的意見，若無法解決，就應該修法。賴清德：『(原音)一例一休的確是我們台南市民很多人反映，(主持人周玉蔻：所以你的建議是什麼？)造成他們的困難。我認為，當然，可以透過解釋，就儘快解釋；但是如果到最後沒辦法的話，也應該要來做一個修法的動作。』
對於新南向政策，賴清德曾表示這是項好的政策，並認為推動新南向不是為了政治目的，也並非口號，而是能實際為台灣經濟發展帶來正面效益。賴清德也認為新南向政策並非只是商業投資，也必須進行教育、觀光等交流，他並強調要把握「雙向、多元、合作、雙贏」4項原則，新南向政策才會成功。
賴清德也肯定前瞻基礎建設計畫，認為這展現了政府積極投資未來的決心，不但可加速國家基礎建設的投資與更新，更重要的是能以公共投資帶動區域的均衡發展。
除此之外，稅制改革的具體方案已出爐，後續能否順利在立法院通過，將是賴清德上任後的首要工作之一。同婚、軍人年改等議題則埋藏著社會衝突的危機，都將是這位新任閣揆的嚴峻挑戰。