陸委會副主委邱垂正今天(13日)上午表示，今年雙城論壇遇上中巴建交，行政院大陸委員會呼籲各界團結一致，並無攻擊台北市長柯文哲；世大運期間，大陸代表團來台，陸委會也曾表示願提供必要協處，未來仍將一如既往，與各縣市政府溝通合作、提供必要協助，以發揮政府兩岸政策的一體綜效，保障台灣最大利益。
柯文哲12日接受電視專訪時，談到雙城論壇和世大運與中國大陸交流過程時說，國家安全會議、陸委會放他一人處理，出事再攻擊他。柯文哲更一度哽咽說很傷心。
對此，陸委會副主委兼發言人邱垂正接受中央社訪問時表示，柯文哲7月赴陸出席雙城論壇前，正值中國大陸與台灣前邦交國巴拿馬建交、施壓政府妥協政治立場，引發台灣民意憤慨與反彈。
他表示，陸委會當時強調，在台灣面對中共打壓及外交困境的同時，各界應團結一致，堅持政府政策，適切表達台灣社會民意感受，維護國家尊嚴與利益。這些說法媒體均有報導，相信柯市長應該理解。
另外，邱垂正表示，政府均盡一切力量協處本次世大運，中國大陸代表團來台，因主要行程為參賽等活動，陸委會除表達歡迎之意外，也提出願提供必要協處，該團來台過程均順利。
邱垂正說，陸委會已多次重申兩岸城市交流應回歸城市交流的本質，不應設置任何政治前提，方有利於兩岸關係的長遠發展。他呼籲國內各界應一致面對外部的威脅與挑戰，也認為兩岸唯有透過溝通對話化解歧見，才有助於兩岸關係正向發展。