外傳台北市政府有意選擇一塊靠近總統官邸的台銀閒置土地，做為南門市場重建期間的中繼市場，但總統府與行政院認為該土地與總統官邸距離太近，指示政務委員出面阻擋；對此，總統府今天(4日)下午表示，府、院事前都不知情，上述訊息並不正確；台北市長柯文哲也指出，市府只是初步勘察了解，再從中選擇適當的地點進行評估。
針對鏡週刊一篇標題「柯P槓小英，無視總統維安，柯P強遷南門市場到官邸旁」的報導，總統府4日澄清指出，南門市場等市政議題，屬於地方政府與土地所有單位之間的事務，在媒體報導之前，總統府與行政院都不曾聽說此事，更不可能出現報導內容所指府院「緊急會商」，還指示政務委員張景森找市府溝通等狀況，鏡週刊的報導與事實明顯出入。
台北市長柯文哲在大安森林公園出席世界動物日活動後受訪時表示，目前只是在蒐集資訊進行評估，他說：『(原音)我們去找中繼市場，當然是先去看一看，適當的才一個一個來評估；其實離總統官邸還很遠啦，我自己有去看過，我覺得距離還夠啦，所以不會有問題。』
柯文哲指出，南門市場是海砂屋，又因為正在興建捷運萬大線，所以南門市場一定要拆掉重建，但它是台北市的重要市場，不能因為改建而停止營業，所以必須尋覓一個中繼市場。