針對國民黨立委楊鎮浯辦公室主任黃子哲對於外交部官網改版後移除國旗的質疑，外交部發言人李憲章今天(20日)下午表示，2014年官網改版時的首頁就沒有放置國旗，可是在特定節日以及網站裡都可以看到許多國旗影像及相關元素，首頁的設計無關政黨輪替或意識形態。外交部資深官員則指出，無論是誰執政，外交工作人員始終站在第一線捍衛國家利益、國旗與國號，對於國旗的情感，外交人員的感受最為深刻。

外交部發言人李憲章20日受訪時表示，外交部全球資訊網曾於2014年6月改版，當時網站首頁整體版型就沒有設計要放置國旗，目的是要在有限空間下完整呈現所有目錄選單，以方便網友進入網站後，就能立即聚焦重要的外交訊息，所以外界指稱外交部網站在這次改版後的首頁移除國旗並非事實。
李憲章指出，外界指稱移除國旗所使用的外交部網站截圖，是2013年5月某則新聞稿頁面截圖，是外交部官網的子頁面，並不是當時的官網首頁，李憲章說：『(原音)改版後外交部網站的相關資訊，包括部長的簡介與照片、外交基本方針、國情資訊、新聞稿、最新消息以及外館消息等，都涵蓋了許多國旗影像跟相關元素。』
外交部進一步向媒體提供6張政黨輪替前後的官網截圖，說明首頁是否放置國旗無關政黨或意識形態；李憲章表示，外交部會在特定國定節日，例如春節、端午節、中秋節及國慶日期間，特別製作首頁應景版型與民眾共享節慶氣氛，再以今年的國慶期間的官網首頁為例，就是用國旗與這次的雙十標誌做為設計主軸，呈現全民歡度國慶的意象。
外交部資深官員受訪時也指出，面對中國大陸的打壓，站在第一線維護國家利益的外交工作人員感受最為深刻，衝鋒陷陣捍衛國旗與國號都唯恐不及，「怎麼可能連在自家門口都故意不用國旗？」
資深官員強調，國家定義是中性，無關政黨與顏色，外交部絕對不會因為政黨輪替就移除了官網上的國旗，他要反問提出這種質疑的人，可曾有過在海外親眼看著中華民國國旗被迫撤下而悲痛流淚，或在力爭之後看著國旗冉冉升起而熱淚盈眶的經驗？