教育部駁回台灣大學校長遴選結果引發爭議，清華大學師生發表「清華429宣言」，要求教育部收回成命。對此，行政院發言人徐國勇今天(30日)表示，府院沒有介入管中閔案，批評有政治力介入的人應該捫心自問腦海中有沒有政治力盤旋。他表示，管中閔案經過這麼長時間才決定，就是因為要給教育部處理空間。

教育部駁回台大校長遴選結果，不聘任中研院士、前國發會主委管中閔為台大校長。教育部的決定引發爭議，清華大學師生發表「清華429宣言」，要求蔡英文總統撤換教育部長吳茂昆，和教育部收回成命。
對此，行政院發言人徐國勇30日表示，教育部依法處理管中閔事件，府院沒有介入此案，如果政府真的介入，怎麼會一拖3、4個月。他表示，那些批評有政治力介入的人應該捫心自問腦中是否也有政治力介入；徐國勇說，行政院尊重教育部的的決定。他說：『(原音)希望批評的時候請自己也捫心自問，你有沒有政治力介入，你有沒有政治力在腦子裡在那邊盤旋。府院沒有介入，我再次強調，當然有人批評說府院沒有介入他不相信，講這句話的時候，他心裡有沒有政治力在腦子盤旋，沒有介入就是沒有介入，所以我為什麼提到，如果有介入怎麼會搞了3、4個月。』
吳茂昆上任後，外界對他有許多質疑，媒體詢問行政院的看法。徐國勇表示，吳茂昆已經一一回應外界的質疑、講得非常清楚，「吳茂昆本身就是政府的一部分」，外界的爭議他已經出面處理、回應。