政府的疫苗經費有限，公費疫苗無法涵蓋所有民眾的需求，國民黨立委陳宜民等人提案修正「全民健康保險法」，將預防接種納入健保給付。對此，衛福部陳時中表示，將疫苗納入給付恐衝擊健保財務，以公務預算負擔疫苗支出，代表國家重視預防體系的核心責任，衛福部會盡量爭取更多預算，確保民眾施打疫苗權益。

立院社福衛環委員會31日審查「全民健康保險法」部分條文修正草案。現行法令規定，預防接種非健保給付範圍，因此公費疫苗均由衛福部疾管署編列預防接種預算支應。
為了讓各類疫苗能更全面施打，國民黨立委陳宜民、王育敏等人提案，將預防接種納入健保給付。不過，衛福部長陳時中表示，目前預防型的疫苗都以公務預算編列的疫苗基金支應，若將所有疫苗都納健保給付，將衝擊健保財務，造成排擠效益，衛福部會盡量爭取更多公務預算，確保民眾施打疫苗權益。陳時中：『(原音)(王育敏：(如果你們不納進去全民健保，那你在原來的疫苗基金裡面，怎麼要去確保我們這些疫苗的施打，就是有足夠的經費)在疫苗基金裡面，我們一方面當然也爭取公務預算，在本部可以調整的，我們盡量從菸捐裡面的分配比例，能夠挪比較多的比例給疫苗基金，我們要看看今年菸捐收取的狀況，不過今年還是可以平衡。』
國民黨立委陳宜民質疑，以公務預算負擔疫苗支出，帶狀皰疹疫苗、子宮頸癌疫苗等高價疫苗將沒有機會納入，民眾還是必須自費。陳時中回應說，對於這些屬治療型的疫苗，未來健保可討論納入給付，但流感疫苗等預防型的疫苗，還是應以公務預算支應，代表國家重視預防體系的核心責任，衛福部會盡量爭取更多預算，確保民眾施打疫苗權益。