台灣在2月6日爆發首次於國內出現的H5N6高病原禽流感，由於H5N6具禽傳人風險，農委會不敢大意，在向行政院呈報後，拉高防疫層次，「禽流感中央災害應變中心」立即啟動，並實施有史以來最長「禁宰、禁運」措施，希望在這一波禁令期間，能夠盡可能同時除掉存在台灣國內的高病原性禽流感病毒；但成效為何，仍有待時間觀察。
◎防堵H5N6 禽流感中央災害應變中心成立
H5N6是「新型A型流感」病毒的一種，主要存在於受感染動物的呼吸道飛沫顆粒及排泄物中，人類主要是透過吸入及接觸病毒顆粒或受污染的物體以及環境等途徑而感染。
不像是H5N2及H5N8病毒，H5N6具有禽傳人的風險，因此農委會不敢大意，在6日疫情爆發後，13日立即成立「禽流感中央災害應變中心」，行政院長林全也特別親臨視察，要求各單位絕對不能掉以輕心，且「防疫視同作戰」，既然已將禽流感疫情列為一級開設，就要把此次的作戰，做為全國性的作戰。林全說：『(原音)所以我們需要非常謹慎小心，要請衛福部和農委會，一定要加強相關的宣導工作，一方面避免民眾過度恐慌，雖然有案例，但並不是普遍，但也不能掉以輕心，因為可能性還是存在。』
◎禁宰禁運令7天 創史上最長紀錄
「禽流感中央災害應變中心」成立後，儘管剛開始，涵蓋縣市仍控制在5個縣市，
但範圍卻有擴大現象，農委會邀集多位國內專家學者舉行防疫座談，專家建議政府必須採取斷然措施，阻止病毒擴散，禽流感中央疫情應變中心也立即在16日召開會議後，身兼指揮官的農委會主委林聰賢也宣布，17日凌晨零時起，全台實施家禽禁宰、禁運7天，創下台灣禁宰、禁運期間最長記錄。林聰賢說：『(原音)2月17日凌晨開始，到2月24日總共7天，我們禁止全國的家禽禁止移動，做移動管制，對於屠宰場的部分，有7天對所有的禽類，屠宰休宰7天，經過我們確認，都沒有疑似病例的白肉雞，經過相關的驗證程序，白肉雞不在此限。』
◎禁令排除白肉雞
由於禁令排除白肉雞，也引發外界質疑。農委會前主委陳保基就直指，根據過去防疫的經驗，白肉雞約佔撲殺雞量的1.5成，禁運禁宰政策「獨厚」白肉雞，並非全無風險，何況有些屠宰場還是白肉雞與有色雞，像是土雞、烏骨雞等混用，不把白肉雞納入管制，難以切斷感染途徑。
不過，農委會也有看法。農委會副主委黃金城指出，白肉雞是在生物安全等級高的環境所飼養出來的雞，雖然去年有2個案例，但去年7月至今，都沒有再發生案例，在綜合風險評估後，再加上考量將國內市場消費衝擊降至最低，因此才決定白肉雞不納入禁運禁宰措施。黃金城也解釋，根據經驗，蛋雞在經過28天的孵化後，並經過35天的飼養，就可以送至屠宰場上市；由於時間相當短，因此如果雞隻染病，幾乎沒有機會生存，再加上白肉雞多在密閉空間飼養，評估風險會降至最低，因此才決定不將白肉雞納入禁運禁宰措施。他說：『(原音)手上有非常完整的紀錄，白肉雞的蛋雞場，監測的抗體完全都是陰性，禽流感藉蛋傳染的機率非常低。因為蛋要進入孵化場裏面，在38度C的狀況下，一直孵化28天的時間，在這個溫度下，病毒已經殺死了。』
農委會副主委陳吉仲則是指出，此波禁宰白肉雞，是經過學者專家、防疫同仁、產業界共同討論，經過綜合評估風險，且衡量對市場衝擊最低的情況下，所做成的決定，沒有所謂防疫做半套的問題。
實施7天的禁運、禁宰令，進入最後倒數，農委會23日也將宣布，禁令是否解除或持續，至於這幾天疫情發展，則是判斷關鍵。不過，由於天候又將再度轉冷，病毒恐怕又活躍，防疫單位仍不敢鬆懈，至於這波禁令對於防疫的成效為何，則有待檢驗。