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駐日美軍基地目前除了沖繩縣的部分同意公布確診人數，其他基地都不公布，造成日本民眾難窺美軍基地狀況，讓疫情持續「黑箱化」。
截至19日為止，已知駐沖繩美軍有5處基地，共出現143例俗稱武漢肺炎的2019年冠狀病毒疾病(COVID-19)確診病例。
日本時事通信社報導，駐日美軍士兵大約5萬多人，加上家人總共約10萬人。美軍雖然例外地同意公布駐沖繩美軍的染疫人數，但沖繩以外的駐日美軍基地狀況卻難以窺知，持續「黑箱化」。
日本政府祭出防疫措施，禁止美籍人士入境，但美軍人士受到「日美地位協定」(全稱為基於日本國與美利堅合眾國間相互合作及安全保障條約第六條，有關合眾國軍隊在日本國的設施、區域及地位協定)保障不在此限，其家人也可以根據其他規定入境。
美國國防部3月30日為免影響美軍在安全保障上的活動，指示各美軍基地原則上不對外公開基地內染疫人數。
日本政府防衛省表示，如果駐日美軍基地有人染疫，雖然會提供資訊給防衛省及地方保健所，但沒有美軍同意就不能對外公開。
青森縣本月發生一架美國政府包機抵達美軍三澤基地後，傳出美軍相關人士被驗出陽性反應，但確切多少人染疫則未公布；位於神奈川縣的美國海軍厚木基地同樣傳出有人確診，但細節不詳。
沖繩縣知事玉城鄧尼11日跟駐沖繩美軍基地總指揮官克拉迪(H. Stacy Clardy)電話會談，由於取得克拉迪同意，所以沖繩縣政府後來才能公布確診病例數。
轄內有美軍基地的都道府縣組成的「涉外知事會」向日本政府請願，有關駐日美軍基地發生疫情及美方採取措施，希望推動美方積極對外公布。
日本政府防衛大臣河野太郎表示，從美軍為維持反應能力的角度來看不公開確診病例數，扣除像沖繩縣這樣例外的情況，原則上是沒有公布的打算。
