針對台灣與巴拿馬雙邊已簽署條約、協定，在斷交之後的效力問題，巴拿馬政府日前發出聲明聲稱已經失效，但我外交部今天(17日)對此回應指出，兩國之間有關經貿等涉及人民權益的條約協定，中華民國政府強烈要求相關條約協定的效力，仍須根據該條約或協定的相關規定處理。
外交部日前發出新聞稿，說明台、巴雖然結束兩國外交關係，但雙方人民的正常交流仍將繼續，因此，依照國際條約法的基本原則，除非外交關係的存在是適用條約所不可少者，締約方斷絕外交關係並不影響條約的效力。
外交部17日強調，基於保障中華民國國民的權益，台巴間有關經貿等涉及人民權益的條約協定，中華民國政府依據國際法相關原理原則，強烈要求相關條約協定效力，必須依該條約或協定的相關規定處理。
相關人士受訪時指出，巴拿馬外交部10日宣告台巴雙邊條約協定已因斷交失效，我方必須對於這種說法做出回應，正式表達我政府的立場，為的是要保障自身權益；以外界都在關注自由貿易協定為例，此協定不需要以外交關係存在做為適用前提，所以是否廢止要根據協定文本內的中止規定來處理，不是單方說失效就失效，以免中華民國國民在巴拿馬的投資貿易權益受到損害。
另一方面，在「外交關係」這個判斷標準之下，例如兩國在1999年簽訂的「派遣國際合作發展基金會志工協定」，已經因為斷交結束合作計畫，這項協定就此作廢。