中華民國駐菲代表處得知仍被通緝的陳由豪有意到菲投資，立即去函菲國移民局要求禁止入境，但在中國政府的協助之下，仍成功自由進出菲國。
法務部調查局今年初即取得情報，得知陳由豪可能赴菲洽談投資事宜，於是在5月12日透過駐菲代表處發函菲國移民局，以陳在台被通緝為由，要求將他列入黑名單，甚至希望一旦入境即予以逮捕，遣送台灣。
根據菲國移民局官員透露，陳由豪曾於6月6日持中國護照，從廈門飛抵馬尼拉，但因已在台灣方面要求下被列入黑名單，因此未能順利入境。
陳由豪在馬尼拉國際機場向中國駐菲大使館求助，次日，中國駐菲大使館致函菲國移民局，要求解除針對陳由豪的禁令。
由於陳由豪持中國護照，被視為中國公民，6月9日，菲律賓移民局在中國的請求下，向他發出准許入境令，但當時陳由豪已返回中國。
6月23日，陳由豪透過在菲律賓的律師，以洽談數億美元投資案為由，向移民局申請「准許入境令」以及「准許出境令」，獲得批准。
陳由豪於是在7月7日順利抵菲，並拜會菲律賓經濟特區管理署(PEZA)署長普萊沙(Charito Plaza)，討論宣稱3,690億美元的投資案。
另外，面對台灣提出逮捕陳由豪並遣送回台灣的要求，菲律賓移民局以陳由豪是從中國入境菲國為由，表示依出發地原則不能遣送台灣。
此案在菲國極為敏感，相關官員多不願具名受訪。一名菲國官員表示，從陳由豪投資金額以及輕鬆從移民局黑名單除名的情況來看，他在菲國已建立極佳的關係，台灣方面恐怕很難動他，只能退一步利用輿論的力量，阻止他來菲國投資。