行政院長賴清德日前在立法院備詢時，自稱是主張台獨的政治工作者，蔡英文總統1日接受專訪時說，針對這番談話，她後來和賴清德簡短討論過，她無法規定行政院長一定要講什麼，但是相信賴清德知道分際和整體政策走向。
賴清德9月26日在立法院備詢時表示，他是一個主張台灣獨立的政治工作者，也是一個務實台獨主義者，「所謂務實就是說我們是一個主權獨立的國家，名字叫中華民國，不會另行宣布台灣獨立」。
總統接受中央社專訪時表示，行政院長帶領整個行政團隊，總統不可能去規定他講或不講什麼事情。對於外界質疑賴清德這番談話是逾越了行政院長職權，蔡總統說，她和賴清德會做觀念溝通，他們也都知道相互之間在職權上的分工，賴清德是一個有經驗的人，也應該知道分際和整體政策走向，相信大家後來都看到賴院長清楚說明了相關態度。
賴清德在9月29日的施政詢答中表示，兩岸政策是總統職權，他率領的行政院一定是在總統的領導之下，維持兩岸現狀，鞏固台灣主權。
另外，憲法增修條文規定，立法院於每年集會時，得聽取總統國情報告，不過過去從未有總統到立法院報告。總統接受專訪時首度提到，現在有這樣的制度，這套制度要不要修改，看將來的討論，但如果大家覺得有需要，她並不排斥到立法院做國情報告。
蔡總統在上月24日民進黨全代會時提出啟動憲改工程的主張。她在專訪中表示，希望憲改的討論是由下而上，有更多人來參與；先從民進黨開始，但是，一個黨不足以支撐憲改這麼大的工程，下階段就會尋求與其他政黨對話的機會。