政府推動新南向政策，NGO非政府組織被賦予未來第一線重要推手，在玉山論壇第二天的議程中，同樣引發各國NGO團體熱烈討論並分享經驗，大家一致認為NGO與民間企業團體應有更緊密的夥伴關係。總統府資政蕭新煌則建議，NGO團體有自己的新南向政策，歡迎政府加入，但彼此應該是對等夥伴關係，而非由某一方主導。
為期兩天的玉山論壇第二天議程將重點放在第三部門在新南向政策中扮演的角色，其中一場論壇特別邀請來自尼泊爾、印度、越南、緬甸、日本與台灣的NGO團體代表，就「公民團體與企業攜手增進國際合作與發展」議題展開意見交流。
台灣海外援助發展聯盟理事高小玲指出，聯盟在東南亞國家有超過2千多項計畫，力量相當可觀，希望政府在推動新南向政策時可以挹注更多資源，政府和NGO也應該建立信任關係，有系統性的對話，深入了解彼此的需求。高小玲並建議台灣可以建立亞洲緊急救援平台，當災難發生時就可以緊急前往救援。
日本國際協力NGO中心秘書長若林秀樹(Hideki Wakabayashi)強調，聯合國倡議的「全球永續發展目標」(Sustainable Development Goals, SDGs)可以成為NGO與民間企業合作的重要推手，因為大家目標一致，台灣推動新南向政策時，應該設法讓兩者建立更有效益的夥伴關係，但他同時提醒NGO仍應該保有其獨立性與批判性。
尼泊爾、越南、印度、緬甸NGO代表則分享各自在國內推動經驗，企業與NGO合作的成功案例，也談到他們和台灣NGO組織所建立良好合作關係，緬甸伊甸身心障礙中心執行長塔烏克(Tha Uke)尤其感謝台灣伊甸基金會多次協助他們參訪台灣並參與相關研討會，打開他們的視野，對他們有很大的助益。
主持論壇的總統府資政蕭新煌表示，台灣推動新南向，NGO組織將扮演重要角色，但NGO應有自己的準則，有自己的新南向政策，兩者必須是對等關係。蕭新煌說：『(英文原音+翻譯)NGO台灣的有自已的新南樣政策版本，我們可以建立自己一個做事準則，如果政策願意按照我們版本走的話，我們非常歡迎政府加入，但不會盲目跟從政府的新南向政策而不提出自己的疑問。』
對於企業社會責任有深入研究觀察的安侯永續發展顧問有限公司總經理黃正忠則認為，企業與NGO必須攜手合作，但也必須務實，一步一腳印真正做出成果來，才能解決未來人類所面臨的各種難題與挑戰。