教育部今天(9日)下午舉行部務會報，部長吳茂昆在會中表示，今天有媒體問他「台大如果1、2年沒有校長，教育部怎麼辦？」他想強調，台大目前並不是沒有校長，代理校長郭大維就是現在台大的校長，他日前也邀請郭大維到他辦公室，告訴郭大維，雖然是代理，但就是校長，教育部會全力支援他在學校的任何作為。
吳茂昆也提及自己長期接受科學的訓練，會根據事實真相及證據分析，快速做出一些決定，這兩週擔任教育部長期間，也是以這種態度處理很多事務，只不過有時會因為講話太快而失言，這也是科學家常會犯的錯誤。
吳茂昆說，台大是台灣學術的領頭羊，這次校長遴選過程確實是有很嚴重的缺失，教育部在給台大的公文中，很精準的將一些事實陳述出來，希望台大根據他們的遴選辦法，重新檢視遴選過程，最後再送出一個新的結果。