台北市長柯文哲16日在議會備詢時，批評行政院長賴清德「務實的台獨工作者」言論，是不負責任的說法，今天(17日)更說蔡英文總統和賴清德的兩岸論述不太一樣，「怪怪的」。對此，總統府秘書長陳菊表示，賴清德在兩岸政策上完全尊重蔡總統的職權，兩人的兩岸主張也一致。

行政院長賴清德日前曾說自己是「務實的台獨工作者」，台北市長柯文哲16日在台北市議會備詢時，議員以賴清德的說法為例，要求柯文哲說清楚自己的兩岸論述，柯文哲表示賴清德的說法「是不負責任的」。柯文哲17日受訪被問及此事時，更表示他覺得「總統跟行政院長的想法不太一樣，怪怪的」。
對此，總統府秘書長陳菊17日下午與媒體茶敘時表示，蔡英文總統對於兩岸政策的主張，是在中華民國憲政體制上，依照兩岸人民關係條例，她認為賴清德在兩岸政策上完全尊重蔡英文總統，兩人的主張也一致。她說：『(原音)我認為賴院長所要表達的內涵跟總統的主張，我認為沒有差異，只是在當時賴院長在立委對她的質詢之中，提到台灣前途決議文，它在說明台灣前途決議文，但是我會覺得在兩岸的政策上，我覺得總統跟賴院長，它們是一致的，我想這點非常清楚。』
另外，有媒體問到如何看待蔡總統兩任國防部長都曾說過國軍保衛中華民國，不會為台獨而戰？陳菊表示，台灣的民主發展有許多複雜的歷史因素，大家必須有更多寬容，對於不同政治立場要有更多對話、和解，也要互相理解並尊重彼此的立場。至於國防部長個人的政治主張，應該給予尊重，但國防部長有責任捍衛台灣的國家安全。