歷史性的「馬習會」距今已經1個多月，這場兩岸分治66年來，雙方領導人首次舉行的高峰會，不僅引起全球關注，也對兩岸未來的發展立下重要的里程碑。儘管馬英九總統的一些表現遭到台灣在野黨的批評，不過，學者認為這場馬習會展現了大陸對台灣政治實體的承認，不僅彰顯兩岸主權對等，也凸顯兩岸政治體制的差異。
◎關鍵5分鐘 沒說的秘密
儘管大多數的觀察家都肯定「馬習會」對兩岸及亞太區域的和平穩定做出相當重要的貢獻，不過，由於馬總統與習近平在會前共同面對國際媒體的關鍵5分鐘致詞內容中，只提到「一個中國」原則，卻未提「各自表述」的立場，因此遭到台灣的在野黨大肆批評。
對此，多位學者都表示，馬習會不僅要看雙方領導人說了甚麼，還要看彼此「沒說甚麼」。淡江大學中國大陸研究所所長張五岳就表示，大家只關注馬總統在會前致詞沒有公開提到「一中各表」，卻沒注意到習近平的公開致詞也沒提到「一個中國」或「一中框架」。張五岳說：『(原音)但是大陸方面，習近平第一次開場，在馬總統面前所講的話，第一個，完全沒有談到「一個中國」、完全沒談到「一中框架」，而且完全也沒有談到「反對台獨」這些讓台灣各界聽起來很不舒服的字眼。』
亞太和平基金會董事長趙春山也透露，兩岸領導人彼此都未在首度會面的公開場合說出讓對方不舒服的話，其實是基於雙方會前的承諾及諒解。趙春山說：『(原音)因為最重要是兩個共同面對記者那5分鐘，非常重要的。對方是認為，這在新加坡、第三地，全世界媒體在這個地方；不要忘了，習近平還在新加坡，待在那裏國是訪問。他說這個狀況之下，可不可以我們兩方面都不要用太過刺激、因為第一次見面，講一點不刺激對方的話？那至於你想講甚麼，大家在第二階段開記者會的時候，你愛講甚麼、講甚麼；那甚至於在關起門來的時候，甚麼話都可以講。』
趙春山還原兩岸協商的過程，表示當時陸方特別提及，希望我方不要在公開致詞時提到中華民國總統及中華民國憲法；並詢問我方希望習近平對外致詞時不要提到哪些字句。趙春山說：『(原音)他也要我舉例說，甚麼他講了以後，我們會覺得聽了不舒服？我說第一，你可不可以不談「反對台獨」？他當然面有難色說，好，回去考慮考慮；第二，我更進一步要求了，「兩岸同屬一中」你可不可以不要提？他說，回去考慮考慮；甚至於你不談「一個中國」，他說，欸，你們要求太過分了吧？我說，你要問我說有甚麼刺眼的話？這些都是刺眼的。大家回去考慮。他回去考慮的結果是，為了和諧，你們剛才所要求的刺眼統統不會出現。』
趙春山強調，事後證實習近平信守承諾，兩岸也才得以在互信的基礎下達成多項共識。
◎會後記者會 凸顯兩岸體制差異
馬習會另一個引發的爭議是：雙方會後的記者會分別由馬總統與大陸國台辦主任張志軍召開。被民進黨批評身分不對等、有損我方尊嚴。
國立政治大學東亞研究所所長寇健文則引用國際學者的觀察，認為這正好凸顯台灣民主體制與中共威權體制的差異。寇健文說：『(原音)馬英九親自主持記者會，然後張志軍則主持他們那邊的記者會，正好凸顯了民主選出來的領導人跟威權領導人的差異。因為民主選舉出來的領導人必須面對媒體、必須面對記者、必須面對社會大眾；而威權的領導人可以不用。』
寇健文指出，兩岸政治體制的差異讓張志軍的記者會更像是新聞發布會，馬總統的記者會才是真正的記者會。
◎強化中華民國 彰顯兩岸主權對等
除了凸顯兩岸政治體制的差異，淡江大學美洲研究所教授陳一新也認為，馬習會的新聞讓兩岸的國旗各自飄揚在全球各大媒體版面，就是兩岸主權對等的象徵。陳一新說：『(原音)你可以看到很多國際媒體上面，它會把中華人民共和國國旗和中華民國國旗並列，本身就是一個主權對等的象徵。我覺得這一點是對於未來兩岸談政治定位或者政治地位的時候，是有很大的幫助的。』
兩岸交流遠景基金會執行長左正東對照馬習會前的致詞及會後的記者會，也肯定這次馬習會的重要成就就是在國際場合上，強化了中華民國的存在。左正東說：『(原音)我認為這次馬習會在國際場合上強化了我們對中華民國的表述。在習近平跟張志軍的講話裡頭，沒有任何一次談到中華人民共和國；但是在馬總統的記者會裡頭，他多次地談到中華民國憲法、基於中華民國憲法的一中原則、以及他做為中華民國總統的責任。』
左正東進一步指出，兩岸領導人的會面，就是展現大陸對台灣政治實體的承認，而這個承認對國際的影響，從新加坡總理李顯龍於馬習會當晚就在臉書上公開他與馬總統會晤這件事便看得出來。左正東預期這個效應未來將持續在國際間發酵，這也是馬總統留給下一任總統的寶貴資產。