有媒體報導指政府裁撤蒙藏委員會已箭在弦上。行政院將在本週院會拍板107年度中央政府總預算，卻獨缺蒙藏委員會的預算，報導指政院規劃蒙藏會在今年底熄燈，現有人員移撥至文化部或陸委會，原有預算也拆開分送兩部會，由於「蒙藏委員會組織法」尚未廢止，此舉無異讓蒙藏會直接虛級化。
對此，總統府表示，「蒙藏委員會」的組改方向，在2010年上任政府推動行政院組織改造時就已提出，並具擬修法方案送交國會。
在蒙藏委員會人員部分，確實將移撥至文化部及陸委會，相關細節將交由行政部門說明。
蒙藏委員會起源於滿清時期的理藩部，中華民國成立後，曾在中央短暫成立理藩部，廢除後，由內務部蒙藏事務處接管，之後再陸續改制為蒙藏事務局、蒙藏事務院。民國17年，再改由行政院下設蒙藏委員會，綜理蒙藏事務。
2010年，立法院三讀通過「行政院組織法修正案」，規劃將蒙藏委員會併入陸委會，但「蒙藏委員會組織法」至今沒有廢止。去年10月，蔡英文總統召集第二次執政決策協調會議，曾針對行政院組織改造方案指示先處理共識較高的部分，其中就包括蒙藏委員會的裁撤，但沒有說明後續如何處理。
中國大陸國台辦發言人安峰山在今年5月被問到有關台灣計畫裁撤蒙藏委員會一事時，曾表示中方對台灣的內部調整不做評論，但是「堅決反對借內部調整為名，搞去中國化的台獨分裂行徑。」