隨著中國國家主席習近平加強對各級教育機構的政治控制，中共進一步命令境內有外資背景的大學設立黨組織，並授予具黨員身份的高層主管以決策權，徹底改變此前對保障學術自由的承諾。
英國金融時報(FT)中文網今天(21日)報導，北京自2003年批准中外合作辦學以來，已成立2,000多所合辦教學機構，其中一些擁有自己的校園，例如上海紐約大學(New York University Shanghai)。
另一些則是在中國校園開辦機構，例如匹茲堡大學(University of Pittsburgh)和上海交通大學(Shanghai Jiao Tong University)的合辦機構。
報導引述知情人士說，據中國教育部指示，所有合作辦學機構的黨委書記都將擁有副校長職位，並在校董會中擁有席位。據報這項指示是由中共中央組織部所起草。
知情人士說：「這改變了遊戲性質，對學術自由有著不妙的潛在(影響)。」
對新近成立的大學和辦學機構來說，學校董事會在決定學校發展方面有著重要作用。
許多校董會要求，對於高層職位招聘和預算分配等管理決定，需全體校董一致同意才可通過，這實際上等於授予新任命的黨代表校董以否決權。
學術自由問題始終是中國大陸境內具外資背景的大學和辦學機構面臨的敏感問題。
自習近平於2012年上任後，嚴厲收緊對中國國內教育機構的政治控制，並重新在大學引入意識形態知識課程。具外資背景的學校管理者原本認為自己的機構會免於受到中共干涉。
一些知名的合作辦學機構、例如杜克大學(Duke University)與武漢大學(Wuhan University)在江蘇昆山合辦的昆山杜克大學(Duke Kunshan University)，曾與中國教育部簽訂具有法律約束力的保障校園學術自由協議。但許多學者懷疑這些協議能否能獲履行。