農田水利會將改制為公務單位，引發學界連署反對。對此，農委會今天(12日)表示，改制升格後，對於農民灌溉服務及全國農業發展都有正向助益，學者對於水利會改制規劃內容或有誤解。
農田水利會組織通則修正草案，修法內容包括將農田水利會改制為公務機關，會長及各級專任職員準用公務人員行政中立法，應嚴守行政中立；會長及會務委員將自修正條文施行日起停止選舉，改由政府指派。
這項修法引起學者質疑，台大農學院前院長楊平世受訪表示，公務機關化後效率肯定變差。農田水利會是歷史悠久的民間組織，他擔心倉促的政治決定下，民間的力量將灰飛煙滅，他堅持反對改制到底。
對於學者的質疑，農委會發布新聞稿表示，改制後，水利會工作站及水利小組將維持原有運作方式，農民用水權益經由政府系統性規劃，政府將持續挹注經費於農田水利建設，更可消除目前選舉制度因地方派系紛爭，造成基層農田水利服務不均的不合理情況，基層灌溉服務將會有效提升。
針對媒體報導前農委會主委陳保基質疑農委會無農業用水的主張，是滅農的第一步，農委會回應指出，依據水利法第18條農業水權優於工業水權規定，改制後，農委會也會持續捍衛農業用水；若遇枯旱狀況，需短期調度農業水權，則必須依農業用水調度使用協調作業要點規定，對受影響農民予以補償，絕對不會有農業水權受影響的情況。
農委會指出，以農田水利會公法人的性質來看，其財產屬公有財產的一環，改制後，農田水利會資產將成立特種基金，其收益及盈餘將專款專用於農田水利事業，政府也將持續挹注資源於農田水利事業，辦理渠道改善及清淤等相關農田水利事務，並無學者所謂違憲問題。