軍人年金改革最大重點在於改變月退俸的起支俸率，從現行的「40%加2%」改為「55%加2%」，這對無法再服役的退伍軍人當然會有衝擊，尤其資深高階退役將領扣得最多，但也因此健全退撫制度也增加現役官兵的留營誘因。

三讀的軍改法案，其最重要的關鍵在於確立新的所得替代率計算方式，將現行服役滿20年「40%加2%」的起支俸率改為「55%加2%」。這對現役軍人來說會有誘因，因為只要服滿最大年限，所得替代率就會往上增加，由於新法「溯及既往」且有「軍官不超過90%、士官有不超過95%」的上限天花板，所以對已經無法再服役的退伍軍人及資深將領來說，勢必會有影響。
而根據退輔會調查指出，在退役軍人中，約有6萬多人會因為新的起支俸率而有影響，其中又以2,253位將官扣得最多，平均少了新台幣21,950元；近5萬人的校尉軍官則平均少了新台幣7,000元到11,000元不等；1萬多名士官長，則平均少了新台幣6,000多塊，但這都不是一次扣到位，而是分10年慢慢減。
民進黨立委羅致政表示，雖然新法對已退人員衝擊較大，但為了降低對中、低階軍官的影響，新法訂有「月退樓地板」也調高起支俸率，換言之，階級愈高影響才愈大。民進黨立委蔡適應進一步解釋，在調高起支俸率後，不僅近半退役人員沒有影響，甚至還提高官兵的留營意願。蔡適應說：『(原音)86年以前入伍的人，可以領到優厚退休金甚至還有比在職還多，可是(86年後入伍)他退伍後只能領到40%加2%的起支，他當然會覺得沒有必要留在部隊，能走就早點走，這就是我們這次軍改很重要的依據，修正過去的錯誤，讓募兵制有誘因。』
民進黨立委王定宇指出，「55%加2%」的算法對4成8的退役官兵是零衝擊，雖然縮減部分月退俸，但卻建立較為一致性的退休給予標準。王定宇說：『(原音)86年以後任官的人，哪怕你做到上將，你所得替代率就是70%，經過這樣調整會回到不管你哪一年退，你退休給予所得替代率百分比會比較一致。我跑很多單位，從東沙問到樂山基地，很多現役軍人表示興奮還說要繼續簽下去。』
新法也延長各階軍人的服役年限，雖然是鼓勵長留久用，但也可能出現軍士官晉升的「塞車」問題，不過，民進黨立委羅致政認為，以長期來看這是兼顧募兵誘因以及人事暢通的改革方向。