國家中山科學研究院因為政府力推國防自主，近年資源相對增加，不過有媒體報導指出，中科院不少案件從統包轉成轉包、軍售變成商售，還以「預算灌成肥水，中科院失控成怪獸」作為標題。不過，國防部今天(18日)澄清並沒有預算與資源大幅灌水情事，呼籲國人持續支持國防自主目標。
國防部表示，中科院在武器裝備研發及籌獲過程中，是擔任系統整合角色，也就是將非機敏、非核心的次系統及零組件釋商，藉此帶動國內國防產業發展，這並非釋轉包、分包。
報導還說，空軍因為「鳳展專案」所獲得的工合點數原本要用來建置「F-16廠級維修中心」，最後不僅被改名「維持支援中心」還變成各型機種後勤供應鏈與商源的單位。國防部解釋，所謂的「F-16廠級維修中心(Sustainment Support Center, SSC)」直譯就是叫做「維持支援中心」，這是空軍運用工業合作點數引進美軍機隊管理模式，再由原廠洛馬公司技轉授權給中科院，以整合國內維修能量並帶動國內航空產業發展。
國防部表示，他們都依照安全管控機制辦理各項保密作為，並沒有洩密疑慮，而未來也會持續配合國防產業發展的政策，落實國防自主目標。