兩岸關係影響台灣政經社會的許多層面，但在這次總統大選並未成為主要議題，有學者表示，兩岸關係在選前雖非焦點，但選後一定是最影響台灣未來的關鍵議題。至於與兩岸關係密切的對外關係，外交部長林永樂與學者都認為，現有的22個邦交國不會在選後出現全部斷交，或是只剩下4個邦交國這樣的情況。
◎學者：兩岸議題選後才會發酵
在過去的總統大選經驗裡，兩岸議題一直都是關注焦點，甚至是影響選舉結果的關鍵因素，但成功大學政治系教授丁仁方觀察今年的總統選舉，指出兩岸議題在這次選戰中被「離心化」。他說：『(原音)「核心化」是關鍵議題，上次是主要的，這次「離心化」，它不會扮演一個很重要的投票影響因素。』
丁仁方認為，兩岸議題雖然在選前被「離心化」，但選舉結果出爐之後，絕對會變成關鍵議題，更是影響台灣未來最重要的事情；至於會影響到什麼程度，丁仁方不願在選前多談，僅簡單表示看中國大陸要不要硬碰硬。
◎學者：兩岸關係選後或許停滯
政治大學國際事務學院教授丁樹範也指出，選後的兩岸情勢要看中國大陸的態度，他認為這對大陸領導人習近平來說，將有可能是一個兩難的問題。丁樹範說：『(原音)他(習)不可能做得那麼絕情，因為他做得很絕情，第一個就是說把台灣會推得更遠；不過，習近平總得做點事，否則他內部怎麼交代？』
丁樹範表示，兩岸正在進行的經貿談判、兩岸事務主管部門之間的溝通機制，以及台灣的邦交國等經濟、外交事務，都是大陸的籌碼，或許在選後有可能停滯一段時間。
◎台商：兩岸對立不利海外台商
兩岸關係與對外關係息息相關，日前獲贈外交部「外交之友貢獻獎」的南緯實業董事長林瑞岳表示，面對台灣的對外關係與國際空間，一定要先處理好兩岸關係。他認為，無論如何，兩岸之間都不要對立，因為兩岸關係若沒有處理好，不僅影響對外關係，也不利在海外打拚的台商。林瑞岳說：『(原音)我們在外的台商會比較困難，所謂比較困難就是說可能面對著很多的不方便，你以前溝通是很自然可以溝通，如果對立，大家就會比較困難。』
林瑞岳的身分除了企業家之外，還是非洲友邦史瓦濟蘭的駐台名譽總領事，他積極投入公益事業與國民外交，經常站在第一線接觸外交相關事務。
◎學者：邦交國不會斷光
另外，日前曾出現選後邦交國會全部斷交、斷交18國，或邦交剩下15國等等說法，但丁樹範表示，台灣有許多比較小型的邦交國，大陸與他們建交「也沒什麼好處」。
丁樹範認為，就算有邦交國想要與我斷交，台灣除了較沒面子之外，其實帶來的傷害並不大。他說：『(原音)我們的護照還是可以在全世界趴趴走，只是說我們的面子上不好看，而且承認我們的國家就更少了，就是國際、外交、法理上會有些難看的地方，可是問題是，中共沒有占領、不管叫台灣或叫中華民國，反正你沒有實際占領，我們還可以繼續跟你ㄠ下去。』
◎外長：別再回到「烽火外交」
馬英九總統上任之後推行「活路外交」政策，外交部長林永樂表示，執行「活路外交」不是看中國大陸的臉色，只是因為和緩的兩岸關係讓台灣擁有正面的國際因素。
身為資深外交人員，經歷過不同時代的外交政策，林永樂表示，無論如何還是希望兩岸關係能夠維持穩定與和諧。他說：『(原音)在這種情況之下，對於我們在國際上所扮演的角色，我覺得應該是比較正面，這個因素很重要，不可能要回到過去「烽火外交」這樣的情形，這個對我們整體外交來說，是不會有正面影響。』
對於總統大選過後，邦交國有可能全部斷交或斷交18個國家的說法，林永樂回應表示，「我相信不會」。