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馬祖地區貨輪(大型及20噸以下動力船舶)循小三通往返中國大陸，由於俗稱武漢肺炎的COVID-19疫情嚴峻，連江縣流行疫情指揮中心決議，在宣布全面禁止進出中國之前，若從小三通航線返回，依國際貨輪規範處理；島際運輸，依漁船模式進行檢疫。
連江縣流行疫情指揮中心18日召開第7次會議，共同就地區小型貨輪如何配合防疫進行討論。
報告單位指出，小型貨輪是2002年因應小三通開放，依據連江縣漁船變更為馬祖與中國地區水產品載運船許可規定、連江縣漁船航行至中國地區許可規定，得以合法行駛中國地區，但近年已式微；另小三通已於10日停航，小型貨輪部分雖然目前沒有禁止，但從疫情開始之後幾乎沒有業者在開，處於停滯狀態。
連江縣府秘書長張龍德表示，為避免在新型冠狀病毒肺炎疫情散布期間，發生我方人員與中國人員接觸情事而無法約束管理，造成防疫上的漏洞，決議先視船隻動態，比照國際貨輪規範或漁船模式來執行檢疫，若船員曾與中國人員接觸，則一律執行居家檢疫14天。
