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兩岸共打協議簽署至今15年，司法機關依協議持續穩定推動工作，緝捕、遣返以通緝犯為最多；法務部國際及兩岸法律司(國兩司)表示，將持續在協議基礎上促進雙方合作共識，發揮協議最大效益；不過法界人士認為，兩岸法治程度落差，造成資訊不對稱，進而影響司法互助成效，應透過國際刑警組織等多元管道監督。
「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」於2009年4月26日簽訂，協議合作範圍包括共同打擊犯罪、送達司法文書、調查取證、罪贓移交、認可及執行民事裁判及仲裁判斷，以及接返受刑事裁判確定人、情資交換、協助緝捕遣返刑事犯與刑事嫌疑犯、重要訊息通報及人道探視等工作。
法務部資料顯示，自2012年起，台灣向中國請求緝捕遣返通緝犯1287人，中國完成遣返336人，雙方持續協助緝捕遣返、執行協議合作事項，至今並沒有停止。
多次參與偵辦兩岸跨境犯罪的檢察官林彥良曾撰文指出，不法人士過去利用兩岸關係政治上的特殊屬性，進行跨境犯罪，因證據散落兩岸，蒐取證據困難，甚至有被告為逃避司法追訴、審判及執行，潛逃至對方領域，使國家刑罰權無從落實。兩岸警察及司法機關，經由協議明文展開全面性、制度性的協緝請求，對岸從此不再是犯罪者的天堂。
國兩司主任檢察官梁光宗表示，台灣與許多國家簽署司法互助、受刑人移交等協定(議)，若彼此間沒有相關協定，即按照國際間互惠原則相互協助引渡、緝捕遣返刑事犯與刑事嫌疑犯或移交受刑人；去年從泰國緝捕返台歸案的前康友董事長黃文烈、地下匯兌集團主嫌郭哲敏，即為台灣積極洽商泰國協助緝捕遣返的例子。
國兩司指出，兩岸共打協議執行多年已具成效，台灣忠於執行協議，在人員遣返方面，除就追緝中的刑事犯或刑事嫌疑犯，向中國請求追查行蹤、聯絡資訊或協助緝捕遣返，也依協議內容協助中國辦理合作事項。
不過，律師黃帝穎表示，「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」自簽訂以來，多半是台灣執法機關落實協議內容，積極向中國通報，但中國司法部門明顯、刻意地選擇性執行，甚至常有「已讀不回」情況，法治程度的落差是造成兩岸資訊不對稱的原因。
黃帝穎解釋，台灣的法律規範、受刑人保障相對文明，然而中國不僅會無故限制台灣人的人身自由，也打壓中國維權人士。
黃帝穎舉例，一名偷渡來台的中國船長為免遭逮捕，把一名在船上的中國女子推落海而溺斃，此名女子親友跨海向台灣請求犯罪被害人補償金，雖然結果不予賠償，但全部審理過程都可被檢驗，反觀對岸的司法程序卻相當不透明。
他建議，未來有關單位除應持續促請中國回歸協議，也應嘗試透過國際刑警組織、國際刑事法院等多元管道監督。
