新內閣上路後，行政院長賴清德與蔡英文總統如何互動，備受關注。蔡總統1日接受媒體專訪時表示，「強勢的人在一起並不壞，只要我們在任務與功能上有互補、分工」；而她與賴清德的政治歷練，剛好互補。
總統上任後首次接受中央社專訪，暢談她與新閣揆互動的情況。總統表示，其實前行政院長林全、現任行政院長賴清德都很強勢，但她與兩人互動都很好。賴清德勇於任事，行政院業務很快上手，決策也非常明快。
蔡總統說，以賴清德豐富的政治經歷，再加上地方行政歷練以及長期做立委的歷練，兩人「剛好是互補的情況」，也幾乎沒有什麼磨合期，在很多問題的討論上，也都互相尊重，沒有出現什麼重大歧見；她表示，畢竟都是在民進黨的系統裡去考量價值與政策目標。
至於在內閣改組的過程中，多數閣員幾乎留任，外界認為這個改組幅度並不大，且賴清德的色彩很淡。總統表示，換了賴清德等行政院三長，以一個行政團隊來講是蠻大的變化，而其他的閣員也都由賴清德再重新檢視過一遍，不能說沒有他的色彩；總統也提到，內閣改組過程中，高雄市長陳菊都有參與，民進黨這個階段非常需要陳菊坐鎮在高雄，對2018選舉也是如此。
至於新內閣由非金融體系的顧立雄出任金管會主委，總統表示，長期以來，金融體系監督和被監督者角色難以釐清，易產生公眾信賴問題，必須要找既有體系外的進來，顧立雄的歷練完整，很容易進入狀況，也可以「帶給相對封閉的體系一種外面的想法和觀感」。
此外，對於外界質疑國家發展委員會主委陳美伶不具經濟背景，蔡總統主動說明，過去一段時間政府研考功能弱化，需要國發會在產業經濟功能外，再強化研考功能。陳美伶擔任過行政院法規會主委，熟悉行政院體系，也了解國家政策；此外，陳美伶在台南市政府很有經驗，政府很多計畫執行是在地方，因此她待在國發會很合適。