普悠瑪出軌翻覆造成台鐵近40年來最大傷亡事故，儘管事發原因還有待調查釐清，不過長期關注台灣鐵道系統發展的台灣鐵道暨國土規劃學會呼籲政府應儘速設立「國家運輸安全調查委員會」常設機構，有系統累積過去事故教訓與經驗，讓後進技術人員參考，提升我國運輸系統安全度，才是當務之急。

針對普悠瑪發生嚴重脫軌翻覆事故，行政院長賴清德下令組成「1021鐵路事故行政調查小組」，由政務委員吳澤成擔任召集人，展開後續行政調查。
對於賴清德要求拉高到行政院層級組跨部會小組進行調查，台灣鐵道暨國土規劃學會副理事長任恆毅表示肯定，不過他認為這仍是針對單一事故的臨時調查組織，台灣更需要的其實是比照英、美、日本，以更前瞻的角度成立獨立公正的「國家運輸安全調查委員會」常設機構，才能有系統累績錯誤經驗改進，並透過修法、制定更高的安全規範，減少或避免重大事故一再發生。任恆毅：『(原音)我們在這邊大聲呼籲，一定就是要有一個固定、長久組織，它能夠把過去的一些事故、一些錯誤經驗，我們要把它累積起來當作我們的教訓，然後我們要在我們技術人員、操作訓練、設備，我們要一併做調整更新，把這些過去的經驗回饋到我們新的系統當中，讓它可以更加安全，所以我們一定要有一個好的、穩定的正式的一個運輸安全調查機構，這才是最重要。』
事實上，由於台灣現行航空、鐵路等交通運輸事故，除了重大航空事故有行政院3級機關飛安會調查外，其餘則由交通部所屬機關調查，有球員兼裁判的疑慮，去年底多名立委就提案要求成立「國家運輸安全調查委員會」，不過當時的交通部長賀陳旦認為，在目前政府現有的用人制度下，短時間還無法成立，至少需要3年過渡時期規劃。
台灣鐵道暨國土規劃學會副理事長任恆毅表示，這次普悠瑪翻覆事故，媒體報導指司機事前反應車子有問題，問題發生後相關人員是否有按照標準作業程序操作，需要台鐵說明；但過去類似的事故一再發生，很多時候往往都只是台鐵內部調查報告就算了，無法從事故中學到的經驗傳承下來，希望這次能認真思考建立一個穩定的常設調查機構，提升我國運輸安全水準。