2016年大選過後，國民黨失去國會多數黨地位，馬英九總統拋出由多數黨組閣的建議，但民進黨方面不同意；加上行政院已經提出內閣總辭，現任院長毛治國拒絕慰留，在無人願意接手組閣的情況下，台灣政局出現空窗。學者認為，距離新任總統就職還有4個月，國家政務必須隨時因應，朝野政黨應誠意溝通、協調。
◎總統拋多數黨組閣 蔡英文保留
2016年大選結果出爐，國民黨在總統和立委選戰雙輸，完全失去執政權。由於這次總統大選提前與立委選舉合併辦理，距離5月20日新總統就職有長達4個月的空窗期，加上出現「舊政府、新國會」的怪異現象，因此，馬英九總統認為，既然民進黨已經取得完全執政，成為國會最大黨，為了政局安定，他願意釋出組閣權，由多數黨組閣，以度過新總統就職前的這段時間。馬總統說：『(原音)畢竟蔡主席在她最近談話當中一再強調要大家尊重大選後台灣的新民意，立院多數就代表這新民意。我仍然誠摯盼望蔡主席再慎重考慮，在這之前，我不會批准毛院長的總辭。』
不過，蔡英文對此態度保留，認為由多數黨組閣存有憲政爭議。她主張現任內閣盡職「看守」、尊重新國會，並與各黨保持密切溝通協調，才能真正穩定政局，並確保政權交接過程平順。蔡英文說：『(原音)我們看到很多憲法學者提出不同意見，這代表這樣主張有很大憲政爭議，國家體制實踐不應該建立在有爭議的議題上。這個問題，我的立場來看，必須回到修憲程序上處理。』
◎毛揆堅辭 內閣群龍無首
到底「多數黨組閣」是否存在憲政爭議？台灣大學政治系教授王業立指出，我國政府仿效法國雙首長制，依照中華民國憲法，明確規定行政院是國家最高行政機關，必須對立法院負責；既然民進黨是新國會的多數黨，就應該負起組閣責任，與憲法規定沒有抵觸。王業立說：『(原音)所謂的多數組閣，並沒有說在憲法上是不可行的狀態。畢竟我們這部憲法在97(1997年)修憲的時候，仿效法國的雙首長制而來的，當然不是完全等同於法國雙首長制，我們還是有一些稍微的差異，但是終究在法國也產生3次左右共治，也就是新國會產生後，法國的總統會提名國會的多數黨組閣，這在1986、1993以及1997都出現過。』
◎雙首長制歧見大 朝野需凝聚共識
師範大學政治研究所教授曲兆祥則指出，與其說多數黨組閣有所謂憲政爭議，不如說是朝野兩黨對政府體制的看法不同，對於雙首長制也沒有共識。他說：『(原音)簡單地來講，馬總統的主張基本符合憲政學理，可是在我們國內發生另外一個問題，就是我們到底是不是雙行政首長制，在學界一直有爭論，在現在實務界爭論更大，這也就是總統當選人、民進黨的蔡主席所說的這個問題存有爭論，她所說的就是這一點；換言之，學理上的主張是不是適合台灣目前現狀，她是有疑義的。』
在選後政局交替過渡期間，任何不測都可能導致國家動盪，且國際局勢瞬息萬變，政府運作不能有一刻空窗，有人主張應該修法，使總統與立委就職日同步。不過，曲兆祥指出，這樣的建議是治標不治本，因為總統有權解散國會，政府體制仍有可能面臨總統與國會多數黨分屬不同政黨的情況，因此，台灣內部要對於雙首長制達成共識才是根本關鍵。
◎政府不打烊 各黨應以大局為重
新國會將於2月1日就職，屆時「舊政府」的處境將更為尷尬與艱困，重大法案是否審議、由誰赴立法院施政報告，沒有國會支持的內閣又該怎麼運作，各種問題接踵而至，國家更可能進入長達4個月的空轉。
馬總統日前探視行政院長毛治國時，曾請毛治國的夫人代為轉達「以大局為重」，期盼毛治國能回心轉意。只是，「以大局為重」何嘗只是現任政府應思考的問題，民進黨在選前提出多項施政願景，現在正是思考「承擔」的時機，若無法和目前的執政黨溝通，未來執政又如何兌現成為「最會溝通政府」的承諾？至於馬總統，身為國家領導人，更應在政權交替時刻展現更大的協調力與溝通能力，不僅協調國民黨與民進黨之間，更要為往後的日子、也就是新總統就職前協調立法院與行政院做準備。