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清華大學海峽研究院新竹辦公室疑似違反「兩岸人民關係條例」，遭中共勢力滲透。教育部長潘文忠日前表示要全面盤點各大專校院兩岸交流情形，遭台大校長管中閔質疑「憑什麼查」。國民黨立委鄭正鈐質疑，全案尚未調查完成就「抹紅」清大並不妥適；民進黨立委范雲則認為，國家當然會保障學術自由，但學術交流不該違反相關法令。
台灣大學校長管中閔日前受訪表示，互訪、合作都是學術自由的一部分，不應受政治力隨便涉入。他也強調，兩岸交流是大學自治的一部分，教育部說要徹查，「憑什麼查」？應該是請大學查查看校內情況。
對於連日爭議，民進黨立委范雲表示，前段時間許多民主國家關閉大學中的「孔子學院」，就是因為經過調查發現是中國用來統戰的機構。台灣當然是保障學術自由和交流的國家，但交流不能違反相關法令。
立院民進黨團幹事長劉世芳則強調，台灣保障學術交流，但同時也不容主權被侵犯，我們有「反滲透法」和「兩岸人民關係條例」，各個機關都應該遵守，尤其這些法律都是經由民意機關通過，不該任意以「學術自由」為由而不去依法行政。
國民黨立委鄭正鈐認為，全案目前還在調查中，結果尚未出爐。但綠營卻強力「抹紅」清大，做法並不妥適。
