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而蘇維埃哈薩克斯坦加盟共和國的對外情報機構招募了大量的特工，從那裡他們獲得大量的，有關當地民眾情緒的分析以及當地發生的各類事件的詳細情報，在獲取情報的同時，他們也積極地組織工作隊分發有關蘇聯動向的宣傳材料。
為了聲東擊西，軍事行動本應該於1944年的春季從新疆南疆開始，但是，喀什人卻不相信蘇聯人。一位被派到當地的紅軍上校，烏茲別克人馬赫穆提·薩裡夫在他的日記中這樣寫道：「說服當地的維族人拿起武器去殺漢人是一件不可能完成的任務！」 當地人不相信蘇聯人是因為在1933-1937年間，當地民族解放運動，也就是第一次建立東突厥斯坦伊斯蘭共和國，就是在紅軍的幫助下被鎮壓的！他們非常清楚地記得這一點。駐喀什的總領事尼古拉·謝斯特裡科夫(Nicolai Shesterikov)告訴莫斯科，當地不可能開展積極的民族解放運動，需要外來的軍事行動。
因此，在對伊犁，塔爾巴加泰和阿勒泰地區組織的國際游擊隊進行評估之後，1944年9月23日，在伊犁地區的塔蒂赫·穆斯林(Tatih Musulman)聯盟的部隊在尼勒克縣開始了反對中國地方政府的軍事行動。他們在10月7日，擊敗了當地政府300人武裝部隊，並佔領了縣城。曾經生活在新疆和中亞地區的人組成的五個裝備精良的騎兵連共590人，從蘇聯開進了叛亂地區。11月7日，伊犁的行政中心被幾支游擊隊佔領。
1944 年 11 月 12 日，在新疆的部分領土上正式宣佈建立獨立的東突厥斯坦共和國。到 1945 年 1 月底，伊犁州完全從國民黨政府的控制中擺脫出來。陶峙岳（Tao Chjiu）向烏 魯木齊市政府報告了伊犁州的情況：「這裡宣佈成立一個東突厥斯坦共和國， 中心設在伊寧市，新政府完全控制了 10 個縣，居民超過 50 萬人。」該事件是在阿拉木圖進行了充分的計劃和準備，參與起義的正規軍部隊都是在那裡接受培訓。起義中使用的武器顯示蘇聯人介入這場行動。從他們的戰術上來看，很像蘇聯和德國人常用的伎倆，更不用說他們使用的戰術是蘇聯紅軍的戰術。
東突厥斯坦共和國成立時，佔據了新疆總領土大約20%，幾乎佔該地區總人口的四分之一，超過一百萬人。共和國總統兼總理是前伊犁地區的毛拉，阿裡汗 · 夏克爾胡佳耶夫Alihan Shakirhojaev, 副總統是當時的一個維吾爾族的貴族：嘉翰戈爾 · 胡昭 · 哈基米貝科夫Djahangir hoja Hakimbekov。
根據莫斯科的指示，東突厥斯坦共和國政府的所有成員均由當地人出任，其中大多數人在蘇聯受過訓練。他們的代表和顧問是由蘇聯蘇維埃首席軍事官任命的，蘇維埃將軍弗拉基米爾 · 埃格納羅夫（Vladimir Egnarov），一 直擔任東突厥斯坦共和國政府的首席軍事顧問。
由游擊隊組成的東突厥斯坦共和國政府軍的五名將軍中，有三名俄羅斯人，他們是：伊萬 · 波利諾夫(Ivan Polinov)，瓦爾斯諾菲 · 莫哈羅夫(Varsnofii Mojarov)和派特斯 · 阿爾克桑德羅夫(Pets Allxandrov)；一名吉爾吉斯人：伊沙克貝克 · 穆米諾夫 (Ishakbek Muminov)（資料中第五名將軍的資料缺失）。東突厥斯坦共和國的政府軍中沒有維吾爾族人，維吾爾族人沒有一個在東突厥斯坦共和國軍隊中擔任上將軍銜。這可能是克裡姆林宮對喀什的維吾爾族人不支持「民族解放運動」的理念的報復。但維族人仍然在東突國政府中擔任重要但處於二級行政與軍事指揮官的職務。東突國最高法院院長：穆哈默德江 · 馬克西姆Muhammadjan Maxum，司法部長：嘎尼 · 魯拉達氏耶夫 Gani Iuladashev，財政部長：賽福鼎 · 艾則孜Saifudin Azizi， 內政部長：阿布杜克裡姆 · 阿巴索夫Abdukreim Abbasov。後來的總統兼總理艾赫買提江 · 凱西姆(Ahmatjan Kasim)則是東突國軍事部門的頭。國防部長首先是拉希姆 · 薩比爾 · 哈吉耶夫(Rahimjan Sabir hadjiev)，後來是祖農· 塔波夫(Zunun Taipov)。
在短短幾個月內，東突國軍隊就佔領了阿爾泰，伊犁，塔爾巴加泰和喀什部分地區的一些重要定居點。其中有塔什庫爾幹(Tashkurgan)，在那裡發現了鈾，鎢，鉬和金。在塔城chugchak發現了鈾，在可哥托海koktogai發現了鈾，鈹，鋰， 鈮等。阿爾泰Altai和伊犁Kulja有鈾，鈦，鎢和金等。在阿克蘇，那裡有鉛，銅，硫磺礦和煤礦。值得注意的是，到1945年，中國領導人甚至還不知道他們的這個省蘊藏鈾礦，鉬礦等戰略儲備。
1945年5月28日，美國《時代》雜誌寫道：新疆是歐亞大陸中心與蘇聯突厥斯坦，蘇維埃控制的外蒙古地區，英國控制的西藏地區，中國以及中國共產主義者控制的延安地區相連結的基石，這裡的政治動盪直接影響了所有這些鄰國。新疆是一個被高山包圍的大片土地，山上富含黃金和黒鎢。1944年4月，一支武器裝備精良到令人驚訝程度的穆斯林軍隊佔領了塔城和伊寧的要塞城鎮。看起來，在亞洲以及歐洲，俄羅斯似乎正在製造一個以莫斯科為中心的，由龐大而眾多的親俄羅斯的緩衝國所組成的保護區？（待續）
