總統府宣布法務部長邱太三將轉任國家安全會議諮詢委員，並在近期內上任，不過，邱太三表示這件事「還沒有明確的定論」，總統府祕書長陳菊還在說服他。邱太三否認自己去職與得罪前總統陳水扁及不執行死刑有關，他坦言自己想休息、回學校教書，早在4月就已表達去意，只是始終沒有獲得同意。

在這波內閣改組中，行政院長賴清德宣布法務部長邱太三去職，並表示以邱太三在兩岸、國安的豐富歷練，相信會持續獲得蔡英文總統借重。隨後，總統府宣布邱太三出任國家安全會議諮詢委員，並將於近期內上任。
不過，邱太三12日下午接受媒體採訪時表示此事「還沒有明確的定論」。他透露，總統府秘書長陳菊確實希望他接任國安會諮委，但他想休息一下，並回學校教書、還清這幾年借調而欠下的人情債，所以現在還在被「糾纏」中。邱太三：『(原音)現在還在...(考量？)不是考量啦，被糾纏中啦。(現在也沒有不去就對了？)糾纏意思就是還沒有什麼明確的結論，還在糾纏中。(要糾纏多久？)我怎麼曉得，這要看誰的耐力比較強一點，耐力強的人就贏了嘛。』
對於有人質疑他是因為得罪前總統陳水扁及不執行死刑而遭撤換，邱太三說這應該沒有什麼關聯，他並透露自己早在4月就已向行政院長賴清德提出希望520之後能讓他回學校教書，只是一直未獲同意。
邱太三還透露自己在擔任法務部長前，幾乎每年都會帶家人出國，但近2年都無法成行，他本來7月下旬要帶家人到日本玩6天，請假函已送到行政院，但到現在都沒有批，他只好撤回。
對於新任法務部長蔡清祥，邱太三則認為，蔡清祥在調查局穩健推展業務，不論對於洗錢、反恐、反毒及重大經濟犯罪的偵辦都有目共睹，是接任法務部長的最佳人選之一，他相信蔡清祥能無縫接軌。