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對於檢察官投書「法務部不應在防疫作戰中缺席」，法務部表示，積極參與「特別條例」制定，並給予防疫相關作為法制意見，投書內容與事實有所出入｡
高雄地檢署檢察官姚崇略投書蘋果日報指，尚未見到法務部所屬人員針對政府各項措施限制人民權利而造成是否有侵害權益之疑慮時，現身說明相關法律規範。至少未曾出現在指揮中心對媒體發出的提問予以回答，只能由陳時中部長對於該等問題輕描淡寫地說法源依據沒有問題。
法務部表示，自中央流行疫情指揮中心開設至今，除善盡國家法律顧問角色，由部長蔡清祥、政務次長、檢察司長等人多次參與疫情指揮中心相關會議，就防疫相關作為及法律依據提供各項專業法制意見及實務運作具體建議外，並積極參與嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例制定，面對違反防疫問題，更是第一時間協助疫情指揮中心解釋及適用法律、訂定違反防疫規定之裁罰基準等，無役不與，善盡國家法律諮商之職責！至於法務部是否出席記者會及對外說明，則充分配合疫情指揮中心指揮，投書內容與事實有所出入。
此外，法務部五大系統，包括檢察、調查、廉政、矯正及行政執行，更超前部署，竭盡其責，全力投入各項防疫作為，有效遏阻違反防疫情事｡
