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外界質疑，中央流行疫情指揮中心防疫措施從「5+9」改為「3+11」導致疫情爆發，監察委員浦忠成、蘇麗瓊調查「新冠肺炎(COVID-19)本土疫情陸續爆發，外界咸認係因放寬國籍航空機組員返國檢疫措施由『5+9』調整為『3+11』，究疫情指揮中心決策有無會議紀錄、是否符合程序規定等情」案，認為衛福部考量雖有所本，但未詳加說明，應檢討改進。
監委表示，2021年2月26日桃園機師工會函指揮中心、3月31日機師工會代表向桃園市長陳情、4月1日有立委召開「機組人員防疫健康管控措施協調會」，皆表達航空機組人員受有「檢疫-執勤-檢疫」無限輪迴的身心壓力，嚴重影響其身心狀況、家庭生活，可能增加飛航事故風險等意見。可見指揮中心決定實施「3+11加強版」模式前，已通盤考量國內當時本土疫情、航空公司管理責任、航空機組人員PCR檢測結果與所受身心壓力等因素，非未經評估率性而為。
但監委指出，由於指揮中心於2021年4月13日決定採「3+11加強版」措施並於隔天記者會宣布自4月15日實施，與機師工會反映航空機組人員身心壓力之意見及桃園市長、國會議員等代為轉達意見的時間甚為接近，難免使人誤解指揮中心立場，且從決定到實施的時間甚短，對於政策從「5+9」調整為「3+11加強版」之權衡考量相關經過未善盡對外詳細說明之責，當媒體及國會議員有所質疑時，亦未積極溝通俾釋除疑慮，實有改進空間，此部分請衛福部檢討改進。
監委表示，該決策是指揮官陳時中聽取任務組報告後直接定案，再於記者會公布及發布新聞稿，雖無會議紀錄，惟相關法令未明確規範是否應製作及公開，鑒於事涉國人健康權益及知的權利之重要事項，衛福部應修法加以明定。
疫情指揮中心與民航局合作，訂定「國籍航空公司實施機組人員防疫健康管控措施作業原則」，相關法制作業程序。(監察院提供)
機組人員檢疫管理模式變化。(監察院提供)
