立法院司法法制委員會今天(28日)審查「財團法人法」草案，內政部在報告中要求將「宗教財團法人」排除適用，導致內政部與行政院版的立法意見不一，引發民進黨召委段宜康不滿，批評內政部沒有事前提出要在草案中直接排除「宗教財團法人」的意見，要求行政院秘書長到委員會說明，一度造成會議停擺。

「財團法人法」草案被列為行政院的優先法案，立法院司法法制委員會28日排案審查，法務部次長陳明堂在報告中指出，亞太防制洗錢組織將於今年對台灣進行第三輪相互評鑑工作，財團法人的資訊公開及財務管理機制是防制洗錢重要的一環，因此亟須盡速完成立法。另外，現行財團法人的設立及管理，是以民法相關規定或行政命令為主要依據，法律位階也有不足，更沒有區分「政府捐助之財團法人」、「民間捐助之財團法人」，有盡速立法改善弊端之必要。
不過，內政部次長邱昌嶽在報告中卻說，宗教團體性質特殊，與一般公益性財團法人具有本質上的不同，內政部建議直接在「財團法人法」中排除「宗教財團法人」的適用，繼續適用民法。他說：『(原音)有關在財務公開的部分，董事任期、董事長的產生經過我們與現況比較是差異最大的部分，我們整個區塊是可以排除宗教財團法人的適用，繼續適用民法，以符合憲法保障宗教自由的意旨。』
內政部突然在報告時才對行政院版提出不同意見，引發召委、民進黨立委段宜康的不滿，怒批內政部長應該負責，要求行政院秘書長前來說明，會議一度中斷。他說：『(原音)行政院既然決定態度了，以行政院名義送院會通過送到立法院來，內政部今天到這裡表達不同意見。你不同意見你部長就要辭職啊，不同意見我們要怎麼審啊。你們兩個部會表達不同意見，你們行政院還是一個整體機關嗎？』
最後前來說明的行政院副秘書長何佩珊則強調，絕對支持政院提出的版本，對政府捐助高密度管理，對民間成立低密度管理，尊重委員會最後審查的結果。