總統府宣布法務部長邱太三將轉任國家安全會議諮詢委員，不過邱太三至今仍未點頭答應接任新職。邱太三今天(13日)表示「還在考慮中」，他仍希望能回到學校教書，感謝總統府的好意，也需要再跟學校溝通借調的問題。

法務部長邱太三在這波內閣改組中去職，由調查局長蔡清祥升任法務部長，而總統府也隨即宣布邱太三將轉任國安會諮詢委員，並在近期內上任。不過邱太三卻表示這件事情「還沒有明確的定論」。
究竟是否同意轉任國安會諮詢委員一職，邱太三13日出席法務部同仁為他舉行的歡送會時受訪表示，他還在考慮中，仍希望能回到學校教書，所以還沒決定要接受新職。邱太三說：『(原音)基本上我剛剛提到我主要要回學校，我應該沒有太多時間可以到台北工作，我當然感謝府裡面的好意，只是在這個時間點上，還要再跟學校溝通。』
外界認為，邱太三就任法務部長2年多來未執行任何死刑，再加上得罪了正保外就醫的前總統陳水扁，導致「被迫下台」；但邱太三再度否認相關說法，重申他是因為學校借調期滿，學校希望他儘速歸建，他是為了自己年資計算不會中斷的「小利」而請辭。
而媒體報導指出，邱太三在這波內閣改組中去職後，原本將轉任總統府副秘書長，但遭邱太三婉拒，之後總統府秘書長陳菊才又勸說邱太三接任國安會諮委。邱太三在歡送會上自己爆料絕對不接總統府副秘書長一職的原因。他說：『(原音)我說那個位子專門要處理，這句話對女生沒有什麼粗的意思，現在在形容的，那個位子就是要處理幹人幹話，我對我來講，我一點興趣都沒有，所以我絕對不會去的，』
至於準法務部長蔡清祥12日與邱太三密談了2個小時，外界好奇是否有觸及死刑議題？邱太三說「沒有」，他並強調法務部的立場很清楚，沒有探討廢除死刑，也沒有排除執行死刑，只是在兩公約國內法化後，已訂有執行要點，必須先檢視每個步驟，若都完成了，或許就是執行死刑的時間點了。