交通部高鐵局和鐵工局將合併為「鐵道局」，對此，交通部長賀陳旦表示，未來鐵道局將設立常態性的軌道事故調查委員會，專責調查台鐵、高鐵及捷運等軌道事故；至於未來將擴編為「運輸安全委員會」的飛安會，則將以調查海事及空難事故為主，陸上交通事故只有在發生特別重大且出現系統性問題時，才會邀請運安會共同調查。

立法院日前三讀通過將高鐵局和鐵工局合併為「鐵道局」。對此，交通部長賀陳旦表示，高鐵局和鐵工局原本就一直是由同一人兼任局長，相信整合起來會比較容易，也可以盡快發揮當初成立鐵道局的初衷，也就是扮演「鐵道運輸事業的監理者」及「軌道產業的推動者」。
賀陳旦進一步指出，未來鐵道局也將針對台鐵、高鐵及捷運等軌道安全事故調查，設立一個常態性的事故調查委員會，以專門的人力來取代現行遭外界詬病的「球員兼裁判」的問題。
不過針對飛航安全調查委員會主任委員黃煌煇日前表示，飛安會將擴編為「運輸安全委員會」，統整調查台灣的海事、空難、軌道及國道重大事故。賀陳旦則表示，交通部最近與飛安會初步協商的結果是：未來運安會將以調查涉及國際事務的海事及空難為主，陸上交通事故只有在發生特別重大且出現系統性問題時，才會邀請運安會共同調查。賀陳旦說：『(原音)我們把飛行安全跟海運安全，讓它的處理具有比較獨立的一個組織，那原因之一是這類的事故，往往會涉及到國際性的不管是人、貨的安全，或者是飛機或船它的國際公約上面的一些規定；至於其他的事故，包括軌道運輸，我想除非是有特別重大而且具有系統性的狀況，不然的話，我們現在先以海運和空運為我們現在飛安委員會調查的主要內容。』
由於運安會的成立，等於是讓交通部移交部分職權給飛安會，因此，對於未來運安會的職掌範圍，雙方恐怕還需要再經過一番角力。