環保團體綠色和平今天(24日)發布「浩劫漁生-台灣遠洋漁業調查報告」。漁業署稍後也回應表示，漁業署對綠色和平使用2個多年前進入司法程序的舊案，及1個外國籍漁船刑事案件，企圖製造整體漁業界與漁工的對立，並否定漁業署2年多來更新法規架構及強化執行管理的努力，漁業署深感遺憾。漁業署表示，希望綠色和平不止是抹黑、批評，而是能提供具建設性的意見，實質對於資源養護及人權保障有所貢獻。
漁業署表示，有關「巨洋案」，是7年前發生在柬埔寨的人口販運案件，當時透過司法單位去向柬埔寨相關單位索取該案犯罪事證及判決結果都未提供。漁業署針對疑似涉案的國人，將所有資料移送地檢署偵辦審理，2016年地檢署因查無犯罪嫌疑，對該案已予簽結。漁業署強調，由於該案涉及刑事罪，經我司法機關審理後，未認定有犯罪事實，漁業署無法只憑外界指控，認定其涉嫌人有罪，且目前核准辦理境外僱用非我國籍船員仲介業者，也沒有巨洋公司。
另外，有關發生於2015年8月的「福賜群案」，漁業署依照規定，分別對船長及船主處以罰鍰及收回證照的處分，並撤銷涉案仲介的業者資格。另外，「和春61號案」是萬那杜籍漁船發生印尼籍船員殺害中國大陸籍船長的兇殺案件，船籍國、被害人及加害人都非我國籍。
漁業署表示，這2年多來台灣改善遠洋漁業管理並與歐盟密切諮商，歐盟要求我國改善的項目都已大幅減少，且歐洲經貿辦事處處長馬澤璉(Madeleine Majorenko)於日前也公開肯定並認同我國在各項措施的努力。