農田水利會改制升格，在地方引發不少震撼，現任農田水利會聯合會會長、雲林水利會會長林文瑞今天(18日)受訪表示，目前全台17個農田水利會，有5個會長表態反對改制，不排除提行政訴訟，甚至打憲法官司。不過，支持改制的農田水利會會長則齊聲認為，農田水利會改制後，就不會再有財源不足的問題，對於地方違規，像是破壞溝渠、工廠廢水排放等，也將有公權力執行，民眾食安能進一步把關。

行政院要將農田水利會改制為公務機關，在地方引發波瀾，除了被質疑和選舉綁樁有關，也被質疑此舉是侵佔人民財產，公然違反憲法保障人民財產權，覬覦水利會高達新台幣上兆元的資產。
農田水利會聯合會會長、雲林水利會長林文瑞18日受訪指出，表態反對改制的全台5個水利會，都是財務狀況比較好的，像是台北市瑠公、七星水利會，桃園水利會，台中水利會以及雲林水利會。他也表示，反對改制的水利會也正在醞釀，規劃提出行政訴訟，並打憲法官司，爭取權益。林文瑞說：『(原音)全國有成立反對的陣線，各水利會會針對各會情況不同，也可能會打憲法官司，也會打行政假扣押的動作，會跟政府打官司，一定會有這種動作，因為這些事業用地和非事業用地，是人民和農民會員捐贈出來的財產，沒有理由要收歸國有，在法律上也講不通，也違反憲法第15條人民還有生存權以及財產權的部分，都有相牴觸。』
至於表態贊成改制成公務機關的水利會，包括宜蘭、南投、嘉南以及高雄等水利會。南投水利會長林庚辛以及宜蘭水利會長許南山受訪都認為，水利會改制，對於目前財源不足的水利會，員工權益不僅更有保障，未來對於地方違規事項，也可以直接行使公權力，民眾食安能進一步把關。許南山說：『(原音)違規取締，破壞溝渠，政府叫你執行，但沒有懲罰的公權力，就覺得綁手綁腳。』
至於外界質疑政府此舉和選舉綁樁有關。許南山也認為，水利會是一個獨特單位，在地方只要擁有田地，就是會員，但會員也不一定在轄區內，選出來的會長代表性也不高，如果改由官派，就可以執行政府政策，且可以將地方心聲直接反映中央。