中國大陸9月起開放台灣民眾申領台胞居住證，陸委會則研議修改「兩岸人民關係條例」，要求已申辦居住證者回台登記。對此，有台商認為申報登記制是徒增台商困擾，且難以落實，質疑政府操作意識形態，恐會引發更大反感；也有台商擔憂申報登記制會有重複課稅問題，呼籲政府應該重視台商權益。

中國大陸即日起受理港澳台居民申領居住證，只要居住滿半年以上的台灣居民，不須放棄台灣的戶籍，也能夠享有與中國民眾相同的福利待遇。陸委會則質疑中國有政治意圖，並研擬修改「兩岸人民關係條例」，增訂申報登記制度，以管制申領者任重要機關公職或參政權。
對此，上海台商協會會長李政宏3日受訪時表示，台商申領居住證是為了在中國經商享有更多便利，但不會因此就可以參加中國的公職，陸委會要求台商返台後要申報登記非常無聊，不但造成台商的困擾，也意圖要把領有居住證的台商貼標籤，是純粹的意識形態對抗。李政宏說：『(原音)逆向而行嘛！一個地方是提供更好的便利，一個是反而讓我們更加的麻煩跟困擾，而且感覺要把我們台商做明顯的區隔，你覺得有必要嗎？我認為會引起台商非常大的反感。』
台企聯榮譽會長丁鯤華也說，居住證是真正方便在中國的台商、學生購買車票、支付或是求職等生活上的便利，若因此被質疑涉及統戰未免過於無限上綱，他並質疑回台後申報登記制也難以落實，只會增加陸委會自己的困擾，相關限制也會把人才往外推。丁鯤華說：『(原音)假設要登記，你應該要登記持有台胞證的台商有多少？持有台胞證就可以到大陸工作、生活也可以居住也可以做任何事情，居住證只是延續性的服務，如果登記居住證其實意義不大，第一個你要怎麼核實？』
另一名在中國的年輕台商翟容迪則說，台商會想申辦居住證的唯一想法只是想要更方便，沒有其他立場，但他非常擔憂一旦回台後要申報登記恐會有重複課稅問題，希望台灣政府能多考量台商的立場。