台灣國產雞蛋檢出芬普尼事件，行政院跨部會處理小組昨天(29日)下午宣布，經過清查後，市面上的雞蛋都已經安全無虞，沒想到地方政府臨時加驗，卻沒有通知中央，結果新增1場不合格場，讓跨部會處理小組措手不及。農委會表示，今天會全面針對檢驗機關再重新盤點一次，確認是否有增驗的雞場，如果後續地方政府仍要加驗，將由地方政府自行負責公布處理。
台灣政府追查芬普尼雞蛋，為讓蛋雞產業的衝擊降至最低，且保障消費者食的安全，跨部會處理小組要求各地方相關單位，於5天之內清查所有轄內的畜牧場，並於25日完成實驗室檢驗，且公布結果，至於食藥署周末假日馬不停蹄，清查所有下游廠商，將檢驗不合格的牧場下游雞蛋全部封存。
經過一連串處理程序後，跨部會處理小組也相當有自信，29日傍晚宣布，市面上的雞蛋都已經安全無虞，沒想到晚間卻又傳出，由於縣市政府延誤送件，又新增2家蛋雞場樣本，其中1場超標，檢測的雞蛋殘留量為13.3ppb，超出台灣參考歐盟的定量極限值5ppb。
跨部會處理小組私下也透露，這起突發事件，等同是地方打臉中央。因此，為求慎重，將會在30日重新盤點一次，確認各地的檢驗機構，沒有新增的芬普尼蛋雞場樣本。農委會畜牧處副處長王忠恕說：『(原音)我們會在今天再盤點一次，請檢驗機關再盤點一次，是否還有28日以後送樣的，還在檢驗中的，我們會再盤點，不再接受個別送驗，若送驗後，由地方政府自行負責。』
根據最新修正的資料，芬普尼雞蛋事件，全台蛋雞場共採樣1,453場，不合格場共有45場，目前也已經有36家不合格場經過複驗後已合格，在解除移動管制後，就可以恢復上市。