在正反兩派意見互為拉扯下，攸關全台灣17個農田水利會改制為公務機關的「農田水利會組織通則修正案」，今天(17日)凌晨於立法院正式三讀通過。農委會指出，有關水利會人員的權利保障、財產處分，將在今年底以前完成規劃和配套，並會著手制訂「農田水利法」，希望在2020年10月1日將全台的農田水利會改制正式升格。

立法院臨時會再次挑燈夜戰，17日凌晨三讀通過「農田水利會組織通則部分條文修正案」，停止辦理今年第5屆的水利會會長選舉，15位水利會會長任期，也將和台北市七星、瑠公農田水利會會長一致，延任2年4個月至2020年9月30日為止。
為讓各地水利會能在2020年10月1日正式改制升格，農委會目前也快馬加鞭，在法案三讀後，首先要透過和水利會、學術界以及社會各界人員討論，處理高達新台幣750億元的水利會資產，以及現有2千多位員工的權益保障等問題。接下來，就是制訂「農田水利法」，讓水利會未來能夠正式於農業部農田水利署下正式運作。農田水利處副處長陳衍源說：『(原音)法就是要賦予包括農村以及農田水利署分署以及水利會，因為水利會以後會納入整個農村以及農田水利署的運作，會以相關的公權力可以裁罰，目前較棘手的水污染事件。』
持反對修法的前農委會主委陳保基受訪也表示，如今草案已通過，雖然有「孤臣無力可回天」之感，但也希望農委會按照承諾，保障農民的用水權以及水利會員工的權益。陳保基說：『(原音)要說到做到，因為大家都會去檢視，就是灌區外要如何灌，改成公務單位之後，如何運作效率和現在水利會一樣，我不是反對改革，而是要他們暫緩，把這些事情都討論清楚。』
農委會則強調，會以具體的行動，落實水利會改革，透過組織改造、擴大灌區服務，進行農業產業結構調整，以提高農民所得，逐步實現「新農業」擘劃藍圖。