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「政治檔案條例」7月三讀通過後，促進轉型正義委員會立即發函國安局，查閱陳文成命案和林宅血案相關檔案，同時國安局內部也展開檔案解密工作。不過，政治檔案解密法定期限將於明年1月到期，國安局關於陳、林兩案的檔案解密卻遲遲沒有進展，並未完成任何檔案解密工作，也影響促轉會陳林、兩案調查進度。
政治檔案條例7月三讀通過後，外界關注陳、林兩案的真相是否能重見天日，國安局當時也發函內、外機關要求盤點這兩案，重新檢討機密等級，進行解密程序。促轉會7月時曾進入國安局調閱相關檔案，但是檔案並未解密。總統府祕書長陳菊7日在立法院答詢時表示，相關檔案若能真相大白對台灣社會和諧有幫助，包括陳文成命案及其他被列為永久機密的檔案，都會解密。
不過，促轉會委員葉虹靈8日表示，外機關持有的陳、林兩案相關檔案都已經完成解密，而國安局持有的部分則還在「檢討解密中」，從政治檔案條例三讀至今，尚未有任何國安局持有的檔案完成解密。葉虹靈表示，依照政治檔案條例的規定，除非被認為影響國安的文件，其他檔案半年內要解密完畢，也就是在明年1月前。她說，促轉會幾度透過電話、公文往返，或者請總統府協調國安局盡快完成陳、林兩案檔案解密，但是未有進展。她也說，在看過其他機關檔案後，發現有一些可以繼續調查的部分，促轉會也請國安局進一步提供資料，國安局也尚未回覆。
促轉會設定12月底前完成陳、林兩案調查報告初稿的目標，但目前因為國安局檔案解密進度牛步，已經影響調查報告進度。相關人士形容，其他機關的檔案拼圖都拼好了，「就等國安局的這一塊拼圖」。至於是否會延後調查報告的撰寫時程，葉虹靈表示，基於促轉會任期有限，並不會延後陳、林兩案調查報告的時間表，但希望國安局盡快完成解密程序。
