促進轉型正義委員會17日持公文到國民黨智庫，國家政策研究基金會調查，引發國政基金會批評促轉會「抄家」。對此，促轉會今天(20日)表示，促轉會人員17日是持公文、經國政基金會人員引導進入了解是否保管政治檔案。促轉會人員抵達現場後即出示證件並明確表達來意，但未強硬要求進入B1查看，亦未動用強制力，並無無踰越比例原則。促轉會指出，禮貌以對，卻遭國政基金會渲染為「翻箱倒櫃」，對此感到相當遺憾、不解。
促轉會表示，17日當天面對國政基金會人員明確拒絕配合調查的立場，促轉會人員自始至終仍態度溫和，表明依法前來瞭解，並告知爾後若有需要，會再請國政基金會說明，沒有使用任何強制性語詞或動作。
促轉會表示，依照促轉條例第3條的規定，黨營機構指「獨立存在但現由政黨實質控制人事、財物或業務經營之法人、團體或機構」。國政基金會雖為財團法人，但其捐助章程第18條清楚指明，該會的基金主要為國民黨捐贈；所在建物之所有權人亦為國民黨；國民黨主席則是現任董事長，超過董監事半數皆有黨職，是促轉條例所定義的黨營機構。且促轉條例也規定政治檔案意指「由政府機關(構)、政黨、附隨組織及黨營機構所保管，於威權統治時期，與二二八事件、動員戡亂體制、戒嚴體制相關之檔案或各類紀錄及文件」。處理的對象明確限於上述各類「團體或單位」保有的「紀錄或文件」，不會針對「一般人」，促轉會希望國政基金會勿曲解法條、混淆視聽。
促轉會表示，自從要求相關政黨通報政治檔案迄今，國民黨不斷地透過媒體表達拒絕配合之意。國政基金會身為黨營機構，為把握時效，促轉會發函要求調查，同時派員前往，目的在即時確認是否存有政治檔案。促轉會強調，促轉條例第14條規定，促轉會有行政調查權，此次調查程序合法完備。