促進轉型正義委員會今天(17日)下午到國民黨智庫，國家政策研究基金會調查，認為國政基金會可能存有威權統治時期檔案。國政基金會表示，國政基金會成立於2000年，並非在威權統治時期，且國政基金會並未經合法程序認定為國民黨的附隨組織，促轉會顯然違法調查。
國政基金會表示，促轉會17日下午無預警持公文前來調查，但國政基金會並非威權時期成立的團體，如何擁有威權統治時期的政治檔案；促轉會調查不應無限上綱。
國政基金會表示，根據促轉會執行職務的人員指出，因為國民黨主席吳敦義是國政基金會的董事長，所以國政基金會是國民黨的附隨組織；但是國政基金會尚未經合法程序認定是政黨附隨組織，促轉會的行為明顯違法，形同任何人民、團體是否需被調查，只需促轉會單獨認定即可恣意為之。
國政基金會表示，促轉會並未發文通知，僅由職員攜帶公文便要求配合調查，已經悖離程序正義。國政基金會表示，促轉會將使全國陷入綠色恐怖之中。只要促轉會懷疑任何人家中收藏有威權時期檔案者，都可事先不通知，臨時持公文，無預警擅入民宅強行調查。國政基金會批評，這種行為形同強盜，被調查人全無反抗能力，甚至可能遭到行政罰鍰。